Durante as décadas que precederam o século XX, a economia da antiga cidade de São Francisco do Sul era agrária, com uma pequena quantidade de exportação de peixes, cachaça, farinha de mandioca, madeira e outros produtos agrícolas. O aumento da atividade econômica no início do século passado estimulou o crescimento das atividades comerciais na Rua Babitonga, fazendo com que aterros e novos prédios como o de um Mercado Público surgissem no centro da cidade. O Mercado Público Municipal foi construído em um período aproximado de 04 anos, sendo inaugurado em 20 de janeiro de 1900, no período de administração do Dr. Luiz Antônio Ferreira Gualberto, superintendente municipal (cargo equivalente ao de prefeito nos dias atuais). É provável que tenha sido o primeiro prédio, em estilo eclético, edificado sobre área aterrada na baía e suas sólidas e imponentes paredes, logo se tornariam o principal ponto de comércio da cidade, mantendo-se nesta condição por várias décadas durante o transcorrer do século XX.

Em sua versão original, o atendimento era realizado pelos boxes na parte interna e uma peixaria (construída originalmente em madeira) na parte externa. Em 1928, foi anexada uma espécie de edícula, na face virada para a Baia Babitonga que abrigaria uma peixaria, com instalações para a limpeza e venda da produção pesqueira artesanal. Para identificar o recinto, o termo "peixaria", foi inscrito de forma curiosa, com as letras formadas por peixes, em alto relevo. Ao lado da peixaria (que funciona até os dias atuais) encostavam canoas, abarrotadas de produtos agrícolas, vindos do Distrito do Saí (parte continental da Ilha), para venda direta aos consumidores.

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